誰も見たことがないストーリーを搭載して始動する『Pゴジラ対エヴァンゲリオン〜G細胞覚醒〜』！

奇跡のコラボレーション、ついに実現!!　

『Pゴジラ対エヴァンゲリオン〜G細胞覚醒〜』をより楽しむために、本機種の世界観とパチンコだけの完全オリジナルストーリーを深掘りしていく！

使徒が人類の脅威としてあるなか、長く眠っていたゴジラも活動を再開し、日本に上陸。この未曾有の事態に、「国連」が母体である「NERV」と「G-Force」は共闘することとなる。

禍々しい空を切り裂き、宇宙怪獣にして使徒の王「キングギドラ」が襲来。初号機とゴジラの双方と対峙する。

圧倒的な強さを誇るキングギドラのまえに、歯が立たないゴジラと初号機。猛攻を受けた初号機は劣勢に陥ってしまう。

突如としてゴジラが破壊光線を初号機に向けて発射。発射された破壊光線は初号機のコアに吸収され、G細胞（ゴジラエネルギー）を取り込んだ初号機が「G覚醒初号機」へと変異を遂げる!!

いつも通りの学園生活を送っているシンジとレイとアスカ。ただ時折、レイが空の一点をみつめ何やら思いつめた表情をしているときがあり、アスカはそんなレイを少し心配していた。

ある日の下校途中、また空の一点をみつめ立ち止まっているレイ。アスカが心配して声をかけると、レイはアスカを拒絶する。

「私に近寄らないで！」

拒絶は強まり、ついには頭を抱えて苦しみだすレイ。身体から発生した不穏なオーラと帯電が、瞬く間にレイを覆い尽くす。オーラはキングギドラのような形状に変異し、レイ自身もオーラの影響で変異してしまう。

変異したレイは、キングギドラのオーラに心を奪われ、使徒もエヴァも人間も全てを拒絶。次々と使徒を薙ぎ払い、その矛先は人間へと向いてゆく。

変異したレイを元に戻すべく、アスカは2号機に搭乗して説得を試みる。

アスカは、レイの心を取り戻すことができるのか？

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